Ebenfalls von großer Bedeutung ist der gotische Schnitzaltar der Kirche. Ein Flügelaltar, der durch eine Inschrift seine Entstehung im Jahr 1503 in Altenburg durch die Firma Naumann, sowie die Jahreszahlen der Restaurationen 1750, 1822 und 1977 verrät.
Er besteht aus einem Mittelschrein mit zwei beweglichen Flügeln und der Predella, die ebenfalls feste und bewegliche Flügel besitzt.
In der Mitte des geöffneten Altars steht Maria mit ihrem Sohn im Arm, in einem Strahlenkranz und auf einer Mondsichel stehend. 
Begleitet wird sie von der heiligen Barbara (links) und der heiligen Margarete (rechts). In den Flügeln befinden sich je vier weitere kleine Figuren von verschiedenen Heiligen in zwei Zonen übereinander stehend. Der geschlossene Altar zeigt auf der linken Seite ein Bildnis der Heiligen Anna selbdritt (zu dritt); Maria mit Ihrer Mutter Anna und ihrem Enkel Jesus. Auf der rechten Seite sieht man Maria mit einem auf das Herz gerichtetes Schwert, welches die Trauer und den Schmerz über den Kreuzestod von Jesus symbolisiert. Deshalb wird auch in der Karwoche der Altar geschlossen, um dieses zu symbolisieren.
In der geöffneten Predella wird die Verkündigung Marias durch den Engel Gabriel plastisch dargestellt. 
Gesäumt ist sie mit je einer Malerei von Heiligen. Im geschlossenen Zustand der Predella sieht man nochmals vier Heilige als Brustbild mit goldleuchtendem Nimbus (Heiligenschein) um Ihre Köpfe.
Leider ist die kunstvoll gestaltete Krone des Schrankaltars verloren gegangen, es fehlt jede Spur und niemand kann etwas über ihren Verbleib sagen.
Ab dem Jahr 1884 stand der wurmstichig gewordene uns heute noch bekannte Flügelaltar im westlichen Vorraum der Kirche. Jetzt zierte an Stelle des Flügelaltars ein vergoldeter Altaraufsatz mit einem Bild des auferstandenen Christus aus der Hand von Prof. Erhard Ludewig Winterstein die Altarmensa. Außerdem werden auch die Altarleuchter und das Altarkruzifix dieser Zeit zugeschrieben.
Ab 1934 stand der Altar in der heutigen Gebetskapelle.
1960 wurde der Altar dem Institut für Denkmalpflege in Dresden übergeben. Ab 1974 überholte der Crimmitzschauer Restaurator Pitzscher den Altar. 1977 konnte er an seiner ursprünglichen Stelle auf der Altarmensa vor der Apsis wieder aufgestellt und eingeweiht werden. Er ist ein Zeugnis von mittelalterlicher Schnitzkunst.
Der von Winterstein gefertigte Altaraufsatz wurde schon im Jahr 1951 an die Nachbargemeinde Claußnitz verliehen.